琴谱系统是琴箫玩法的核心组成部分，主要分为传世谱和自撰谱两大类。传世谱是游戏内预设的经典曲谱，演奏后可触发特定技能效果，通常通过收集残谱或兑换获得。自撰谱则由玩家自由创作，可通过演奏录制生成个性化曲谱，并分享给其他玩家。这两类琴谱在获取方式、功能及使用场景上存在明显差异，共同构成了游戏内丰富的音乐交互体验。
传世谱作为系统固定曲谱，通常与游戏内的剧情、任务或活动关联，例如完成特定奇遇或收集残页后可合成完整曲谱。其演奏效果往往带有增益或战斗辅助功能，如提升队伍属性或触发特殊技能。玩家可通过琴箫工坊兑换残谱，或参与副本、活动直接获取成品。传世谱的固定性使其成为玩家提升战力的稳定途径之一，同时也保留了金庸武侠世界中经典音乐的还原。
自撰谱的创作自由度较高，玩家可通过自由演奏模式录制曲调，系统会自动生成对应的谱面。此类琴谱虽无固定技能效果，但允许玩家自定义旋律，并上传至社区供他人下载演奏。自撰谱的空白卷轴需在达到一定等级后于游戏内商店购买，每个卷轴可记录八个招式，玩家需结合五行属性和八卦方位调整音效与节奏。这一机制为玩家提供了艺术表达的空间，也增强了社交玩法的趣味性。
从功能上看，传世谱更偏向实用性，适合追求效率的玩家快速提升角色能力；而自撰谱侧重创意与分享，适合热衷探索游戏艺术性的玩家。两者均需通过琴箫系统装备后生效，且演奏时可借助游戏内置的节拍器、速度控制器等工具优化表现。琴谱的品质与演奏评分挂钩，高阶传世谱或精心编排的自撰谱往往能获得更高的排行榜排名。
琴谱系统通过传世与自撰的双轨设计，既保留了武侠文化的经典元素，又赋予玩家个性化创作的权利。玩家可根据自身需求选择侧重收集或创作，甚至结合两者丰富游戏体验。这一玩法不仅深化了新笑傲江湖的沉浸感，也为玩家互动提供了独特的艺术媒介。
