口袋妖怪火红版作为经典复刻作品，保留了初代关都地区的神兽体系，并新增了部分特殊精灵。玩家可在特定地点捕捉火焰鸟、闪电鸟、急冻鸟三圣鸟，以及超梦、洛奇亚等传说级宝可梦。其中火焰鸟位于1号岛灯火山顶，需完成主线剧情并携带会冲浪的宝可梦抵达；闪电鸟栖息于无人发电厂深处，建议使用地面系精灵对抗其电系技能；急冻鸟则需在双子岛通过推石机关堵住瀑布后，于洞穴最深处遭遇。这三只Lv50的神兽均需使用高级球或大师球提高捕获成功率。
超梦作为游戏终极神兽，需在华蓝洞窟最底层捕获，该区域要求玩家掌握冲浪和攀瀑技能。其等级高达Lv70且擅长超能力系技能，建议携带恶系或虫系精灵削弱其战斗力。洛奇亚出现于第八座彩虹岛右下方海域，需使用超级钓竿触发；而代欧奇希斯则需在九之岛完成拼图机关后出现。部分神兽如凤王、雪拉比仅限特定版本或通过特殊事件解锁，原版火红需借助船票前往边陲岛屿才能触发相关剧情。
游戏后期隐藏神兽包括三神柱系列：岩神柱雷吉洛克可于1号岛上方草丛遭遇，冰神柱雷吉艾斯分布于双子岛内部，钢神柱雷吉斯奇鲁则潜伏在无人发电站。幽灵塔顶楼存在幻兽吉拉奇，18号矿场深处藏有Z神基格尔德。这些神兽等级普遍在Lv40-50区间，建议提前准备同步特性精灵锁定性格，并使用黑色污泥等道具消耗其血量以提升捕获效率。
捕捉神兽需注意时间成本与资源管理。急冻鸟所双子岛推石解谜需按特定顺序完成，错误操作将重置机关；闪电鸟所无人发电厂需先解决厂内全部训练家；超梦洞窟布满高等级野生精灵，建议携带喷雾剂减少遇敌频率。游戏内唯一的大师球推荐保留给超梦或急冻鸟，其余神兽可使用计时球或催眠+刀背打组合策略。部分神兽如三圣鸟会根据玩家初始精灵属性改变出现概率，该机制需在捕捉前确认。
二周目新增神兽包括关都地区的雷公、炎帝、水君三圣兽，它们会在击败四大天王后随机出现在草丛中。通过全国图鉴可解锁更多传说精灵，如海皇牙需在双子岛垂钓点使用超级钓竿，古拉顿则藏匿于1号岛火焰山地下洞穴。神兽的个体值波动较大，建议存档后反复读取以获取理想数值。原版火红无法捕获梦幻、雪拉比等幻兽，需依赖特殊配信或版本联动。
建议按三圣鸟-超梦-三神柱-洛奇亚的优先级推进，并确保队伍中有掌握闪光、居合斩等秘传技能的精灵。冠军之路第二层可捕获天空龙烈空坐，但需先解决沿途训练师。神兽的技能组合往往带有专属招式，如火焰鸟的神圣之火、超梦的精神击破等，这些技能无法通过常规途径学习，因此捕获时需注意保留其原始技能组。
